Nicolae Timofti sinh năm 1948 ở Ciutuleşti, Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Moldova, Liên Xô, trong gia đình mẹ là Elena (sinh 1927) và cha là Vasile Timofti, và có bốn anh chị em ruột. Vào đầu năm 1949, gia đình ông chuyển đến Floreşti. Ngày 6 tháng 7 năm 1949, cha ông Tudor Timofti của mình bị chính quyền Liên Xô trục xuất đến khu vực Amur, nơi ông qua đời năm 1953.

Timofti kết hôn với luật sư Timofti Margareta và họ có ba con trai: Alexei (born. 1977) làm luật sư cho Ngân hàng Thế giới ở Washington, Nicu (sinh 1980) là một nhà báo thể thao trong Chişinău, và Ştefan (sinh 1989) nghiên cứu kinh tế tại Chişinău.